Banner

BK/JC VIRUS PCR

(Cập nhật: 27/11/2017)

BK/JC VIRUS PCR

I. MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ

1. Mục đích

Phát hiện JC/BK virus trong bệnh phẩm máu và dịch não tủy, nước tiểu.

2. Nguyên lý

Xác định định tính và định lượng gen đặc trưng virus JC/BK bằng kỹ thuật real-time PCR

II. CHUẨN BỊ

1. Người thực hiện

- Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.

- Người nhận định và phê duyệt kết quả: Trưởng khoa, phó khoa, Cán bộ có trình độ đại học trở lên

- Cán bộ quản lý chất lượng, tổ trưởng chuyên môn chịu trách nhiệm giám sát việc tuân thủ quy trình

2. Phương tiện, hóa chất

Trang thiết bị

-  Máy real-time PCR và hệ thống máy vi tính.

-  Bộ lưu điện

-  Tủ an toàn sinh học cấp 2

-  Máy ly tâm 25000 x g

-  Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml

-  Máy ủ nhiệt

-  Máy vortex

-  Tủ lạnh 20C - 80C

-  Tủ âm sâu (- 200C hoặc -700C)

-  Micropipette các thể tích từ 5 l - 1000 l.

Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)

Thực hiện xét nghiệm 02 mẫu/lần

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

Số lượng

1

Bông

Kg

0,001

2

Dây garô

Cái

0,001

3

Cồn

ml

1,000

4

Bơm kim tiêm

Cái

1,000

5

Panh

Cái

0,0001

6

Khay đựng bệnh phẩm

Cái

0,0001

7

Hộp vận chuyển bệnh phẩm

Cái

0,001

8

Tube đựng bệnh phẩm

Cái

1,000

9

Găng không có bột tal

Đôi

2,000

10

Sinh phẩm chẩn đoán

Test

1,000

11

Khấu hao sinh phẩm cho chạy chứng, kiểm

Test

1,100

 

tra chất lượng

 

 

12

Kit tách DNA

Test

2,100

13

Ngoại kiểm (nếu có)*

 

0,020

14

ống Falcol 50 ml

Cái

0,010

15

Eppendorf 1,7 ml

Tube

2,100

16

Eppendorf 0,2 ml

Tube

2,100

17

Đầu côn 10 µl có lọc

Cái

6,000

18

Đầu côn 200 µl có lọc

Cái

12,000

19

Đầu côn 1 ml có lọc

Cái

6,000

20

Ethanol BDH

ml

2,000

21

Water-DEPC Treated

ml

1,000

22

Giá đỡ PCR tube

Cái

0,001

23

Giấy thấm

Cuộn

0,100

24

Giấy xét nghiệm

Tờ

2,000

25

Sổ lưu kết quả xét nghiệm

Tờ

0,001

26

Bút viết kính

Cái

0,020

27

Bút bi

Cái

0,010

28

Cái

0,020

29

Khẩu trang

Cái

0,020

30

Găng tay xử lý dụng cụ

Đôi

0,020

31

Quần áo bảo hộ

Bộ

0,005

32

Dung dịch nước rửa tay

ml

8,000

33

Cồn sát trùng tay nhanh

ml

1,000

34

Dung dịch khử trùng

ml

10,000

35

Khăn lau tay

Cái

0,010

* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tưtiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 3 lần/1 năm).

3. Bệnh phẩm

Máu, nước tiểu, huyết tương, dịch não tủy.

4. Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu

III. CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở

trên.

1. Lấy bệnh phẩm

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh:

Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu:

2. Tiến hành kỹ thuật

Bộ sinh phẩm Geno-Sen JC/BK Virus (Rotor Gene) Real-time PCR (VD)

Tách chiết DNA

Thực hiện phản ứng real-time PCR

-  Thực hiện bước này trong khay lạnh hoặc đá đang tan.

-  Lấy đủ số tube 0,2 ml cần dùng.

-  Chuẩn bị MasterMix (bao gồm JC/BK Mix, Mg. Sol JC/BK, IC) và phân phối vào các tube 0,2 ml.

-  Cho Standards, chứng - hoặc dịch DNA tách chiết vào từng tube PCR

-  Mix. Xong, đặt các tube vào máy real-time PCR.

-  Khởi động máy real-time PCR. Khởi động máy tính và chương trình real-time PCR.

-  Cài đặt vị trí mẫu “Plate setup” trên phần mềm đúng với vị trí mẫu đã đặt trên máy real-time PCR.

-  Chọn màu “FAM” và “JOE” cho mẫu, Standards và chứng âm.

-  Cài đặt chương trình “Protocol” cho máy real-time PCR hoạt động

-  Lưu file dữ liệu vào máy tính

-  Cho máy real-time PCR chạy chương trình.

IV. NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ

1. Điều kiện của phản ứng

-  Các chứng chuẩn có đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang màu FAM dương tính và đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang màu JOE dương tính hoặc âm tính.

-  Chứng âm có đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang màu FAM âm tính và đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang màu JOE dương tính.

2. Phân tích mẫu định tính

-  Mẫu có đường biểu diễn dương tính rõ ràng và bắt đầu từ chu kỳ 36 trở về trước, kết luận “Mẫu dương tính”.

-  Mẫu có đường biểu diễn dương tính và bắt đầu từ sau chu kỳ 36, kết luận “Mẫu nghi ngờ” và đề nghị lấy mẫu lại để thực hiện xét nghiệm.

-  Mẫu có đường biểu diễn âm tính, kết luận “Không tìm thấy virus trong mẫu”. Những mẫu âm tính, chứng nội phải dương tính thì mới kết luận mẫu âm tính thật sự.

3. Phân tích mẫu định lượng

- Mẫu chuẩn (JC/BK Standard - S 1-5) để định lượng được cung cấp trong bộ kit đã biết trước nồng độ, được tính theo copies/ml và được xử lý cùng một phương pháp với mẫu bệnh phẩm.

  Standard 1: 105 copies/ml

=

25.000.000 copies/ml

Standard 2: 104

copies/ml

=

2.500.000 copies/ml

Standard 3: 103

copies/ml

=

250.000 copies/ml

Standard 4: 102

copies/ml

=

25.000 copies/ml

Standard 5: 101

copies/ml

=

2.500 copies/ml

 

- Áp dụng công thức sau để qui đổi giá trị đã được xác định của mẫu bệnh phẩm sang copies/ml bằng cách sử dụng đường cong chuẩn:

 

Kết quả (copies/ml) =    Kết quả đo được (copies/ml) x Thể tích mẫu tách chiết (µl)

                                                          Thể tích bệnh phẩm (ml)

4. In đồ thị kết quả

V. NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ

-  Ống giữ mẫu máu được gắn chất chống đông có thể ức thế phản ứng PCR

-  Khi sử dụng phương pháp tách chiết trong đó có bước dùng buffer để loại bỏ ethanol, phải thực hiện thêm bước ly tâm trước khi tiến hành bước thôi rửa để loại bỏ ethanol còn sót lại. Điều này giúp ngăn ngừa sự ức chế phản ứng PCR.

-  Để dựng thành đường chuẩn, phải sử dụng tất cả mẫu chuẩn (JC/BK S 1-5).

-  Trước khi sử dụng, tất cả thuốc thử cần phải được rã đông hoàn toàn và hòa trộn với nhau ( pipet và vortex ngắn)

 

(Lượt đọc: 837)

Tin tức liên quan

  • Cấp cứu 115
  • Đường dây nóng
  • 5 nhiệm vụ trọng tâm 2019
  • Học tập làm theo lời bác
  • Chương trình mục tiêu quốc gia
  • Đại hội đảng
  • Lịch công tác
  • Hình ảnh hoạt động
  • Câu lạc bộ Tim mạch
  • Câu lạc bộ Tiểu đường
  • Câu lạc bộ Hen - COPD
  • Liên kết web
    • Bộ Y Tế
    • Báo Quảng Ninh
    • Sở Y tế Quảng Ninh
    • Báo cáo hoạt động khám chữa bệnh
    • Bệnh viện Bãi Cháy
    • Bệnh viện Sản nhi Quảng Ninh
    • CDC
    • Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm
    • Bệnh viện Cẩm phả
    • Bệnh viện Đa khoa khuc vực Cẩm phả
    • Bệnh viện Lao và phổi
    • Bệnh viện Phục hồi chức năng Quảng Ninh
    • Bệnh viện Việt Nam Thụy Điển Uông Bí
    • Bệnh viện Y dược cổ truyền Quảng Ninh
    • Trung tâm y tế Hạ Long
    • Trung tâm Y tế huyện Ba Chẽ
    • Trung tâm Y tế huyện Bình Liêu
    • Trung tâm Y tế huyện Đầm Hà
    • Trung tâm Y tế huyện Hải Hà
    • Trung tâm Y tế huyện Hoành Bồ
    • Trung tâm Y tế huyện Tiên Yên
    • Trung tâm Y tế huyện Vân Đồn
    • Trung tâm Y tế Thành phố Cẩm Phả
    • Trung tâm Y tế Thành phố Móng Cái
    • Trung tâm Y tế Thành phố Uông Bí
    • Trung tâm Y tế thị xã Đông Triều
    • Trung tâm Y tế thị xã Quảng Yên
    • Bệnh viện 108
    • Trung tâm DI & ADR quốc gia
    • Bệnh viện Bạch Mai
    • Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Thọ
    • Bệnh viện Việt Đức
    • Sở Y tế tỉnh Phú Thọ